Центры компетенций
Объекты:
ДНК или РНК, выделенная из клеток различных организмов - животных (в том числе человека), бактерий, грибов, растений, а также вирусов.
Оказываемые услуги:
- Выделение ДНК или РНК из биоматериала;
- Фрагментация молекул ДНК или РНК
- Проведение реакции обратной транскрипции (в случае РНК);
- Гибридизация таргетных участков ДНК с помощью зондов;
- Присоединение к целевым фрагментам служебных последовательностей (индексов и адаптеров);
- Качественная и количественная оценка полученных фрагментов;
- Проведение секвенирования на приборе GenoLab M;
- Бионформатический анализ полученных данных секвенирования.
Имеющийся опыт:
Разработаны следующие протоколы:
- фрагментации ДНК;
- таргетного обогащения библиотек с помощью ДНК-зондов;
- фрагментации РНК, выделенной из клеток периферической крови и FFPE-образцов опухолевых тканей;
- получения библиотек РНК методом химерной обратной транскрипции для таргетного РНК-секвенирования и для профилирования спектра матричных РНК.
- фрагментации ДНК;
- таргетного обогащения библиотек с помощью ДНК-зондов;
- фрагментации РНК, выделенной из клеток периферической крови и FFPE-образцов опухолевых тканей;
- получения библиотек РНК методом химерной обратной транскрипции для таргетного РНК-секвенирования и для профилирования спектра матричных РНК.
Объекты:
ДНК человека
Оказываемые услуги:
- Выбор целевых генов, ассоциированных с заболеванием или влияющих на подбор терапии;
- Подбор соответствующих гибридизационных ДНК-зондов;
- Заказ синтеза ДНК-зондов;
- Оценка качества работы синтезированных зондов, при необходимости - корректировка;
- Комплектование наборов (реактивы, инструкция пользователя).
Имеющийся опыт:
На данный момент создана диагностическая панель для анализа нуклеотидных последовательностей четырёх генов, ассоциированных с риском развития наследственных онкологических заболеваний (BRCA1, BRCA2, CHEK2, ATM)
Объекты:
Файлы, содержащие данные, полученные в результате секвенирования нуклеиновых кислот, в формате fastq, bam или vcf
Оказываемые услуги:
- Биоинформатический анализ данных массового параллельного секвенирования с помощью разработанного программного обеспечения. Аннотация обнаруженных отличий в исследуемых последовательностях в сравнении с референсными.
Имеющийся опыт:
Разработано программное обеспечение, проведён анализ ряда данных, полученных в лабораториях, в частности, данных секвенирования с помощью диагностической панели, включающей гены BRCA1, BRCA2, CHEK2, ATM